Los trabajos se emprenden como parte de las actividades conmemorativas por el 40 aniversario de la Declaratoria como Zona de Monumentos Históricos a la Ciudad de Mérida, en 1982, en el cual se definió el polígono del denominado Centro Histórico de Mérida, Yucatán.
Las acciones consisten en retiro de vegetación parásita, limpieza de muros, consolidación de la mampostería expuesta y colocación de aplanados de cal en el muro sur del citado conjunto histórico, con el fin de devolver la apariencia original al edificio, que estuvo cubierta con acabado y pintura a la cal.
Dichas actividades se efectúan como parte de la tercera fase de los trabajos en conjunto. La colaboración inició en 2018, durante la construcción del Palacio de la Música, cuando se retiraron las grapas de concreto del área conocida como Salón General o ex Congreso del Estado; además, se restauró el muro del espacio que ocupa la Pinacoteca "Juan Gamboa Guzmán".
La segunda etapa fue de 2019 a 2020, cuando se devolvió el aspecto original a la sección oriente, que conformó el conjunto conventual de San Francisco Javier, en el cual se levantó la Universidad de Mérida, antecedente de la Universidad de Yucatán.
En esta tercera fase se iniciará la colocación de acabados en la zona sur del edificio, con el fin de evitar filtraciones al interior del conjunto a causa de la humedad. Los trabajos se llevarán a cabo de noviembre de 2022 a enero de 2023.
Asimismo, se recuperará la fachada del actual Museo Pinacoteca "Juan Gamboa Guzmán", en el cual estuvo la Sacristía Roja de los jesuitas, en el siglo XVII, la cual, más adelante, dio cabida a la Biblioteca del Congreso del Estado, en el siglo XIX; después, se llamó Biblioteca Cepeda, que funcionó hasta 1979.
El Museo Pinacoteca "Juan Gamboa Guzmán" fue inaugurado el 31 de julio de 1981, por el entonces Centro Regional del Sureste, hoy Centro INAH Yucatán, usando parte de las áreas del Colegio San Francisco Javier, fundado en 1618; posteriormente, en 1624, fue elevado a la categoría de universidad, por medio de un breve y apostólico decreto del Rey Felipe II, donde se impartían las cátedras de Filosofía, Teología y Derecho.
