Según la autorización de impacto ambiental otorgada al Fondo Nacional de Fomento al Turismo (Fonatur), el proyecto está condicionado al cumplimiento de diversas medidas de mitigación ambiental como la aplicación de un programa de manejo de flora y fauna, un programa de establecimiento y monitoreo de pasos de fauna, así como un programa de conservación de suelos y reforestación con especies propias de la zona para compensar las afectaciones.
El resolutivo de aprobación refiere que en la zona por donde correrá la vía se reportan 13 especies de flora con estatus de amenazadas, así como otras 33 especies de fauna en alguna categoría de riesgo de acuerdo con la NOM-059-SEMARNAT-2010; para lo cual, el gobierno federal a través de Fonatur propone llevar a cabo la reubicación de flora, así como un programa de ahuyentamiento, rescate y reubicación de fauna.
Organizaciones ambientalistas opositoras al tren aseguran que en ningún momento se realizó esta labor de rescate y reubicación de flora y fauna amenazada.
Sobre las características del subsuelo kárstico de la Península de Yucatán, la autorización refiere que se basan en estudios "realizados en otros países".
