El trayecto del Tren México-Querétaro recorrerá 225 kilómetros, con paradas en tres estaciones principales:
-Buenavista (Ciudad de México).
-San Juan del Río (Querétaro).
-Santiago de Querétaro (Querétaro).
Además de estas estaciones, se colocarán paraderos en poblaciones intermedias que se determinarán en los trabajos preliminares. La ruta aprovechará el derecho de vía existente y atravesará las alcaldías y municipios de Cuauhtémoc, Azcapotzalco, Atotonilco de Tula, Tula de Allende, Nopala de Villagrán, Tepeji del Río de Ocampo, Cuautitlán Izcalli, Polotitlán, Soyaniquilpan de Juárez, Tlalnepantla de Baz, Tultitlán, Zumpango, Huehuetoca, Teoloyucan, Jilotepec, Coyotepec, Pedro Escobedo, El Marqués y Colón.
El tren beneficiará a cerca de 30.000 personas que viajan todos los días entre las dos ciudades. Contará con dos vías exclusivas para pasajeros, adicionales a las existentes para carga. Esto permitirá un desempeño superior al de esos trenes.
-Velocidad de hasta 160 kilómetros por hora gracias al diseño geométrico de la vía.
-Reducirá el tiempo de traslado a aproximadamente una hora y 40 minutos, un ahorro del 40% en comparación con el tiempo actual (2 horas y 47 minutos).
-Cada tren tendrá capacidad para 450 pasajeros.
Alicia Bárcena Ibarra, secretaria de Medio Ambiente y Recursos Naturales, aseguró que el trabajo entre secretarías es importante porque aunque pasará por una vía ya existente, la nueva infraestructura debe crearse con cuidado. La secretaria dijo que les interesa que se proteja el Parque Nacional de Tula, el santuario del agua de la presa de Huapango y el santuario del agua de la laguna de Zumpango, entre otros espacios.
El Agrupamiento de Ingenieros Felipe Ángeles de la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena) será el encargado de la construcción. Su comandante, Gustavo Ricardo Vallejo Suárez, detalló que se contempla la construcción del ferrocarril de pasajeros Ciudad de México a Santiago de Querétaro, como un primer tramo de las líneas troncales hacia Nuevo Laredo y hacia Guadalajara, incluyendo estaciones, paraderos, bases de mantenimiento, cocheras y talleres.
La nueva línea ferroviaria tendrá una longitud de 225 kilómetros, lo que representa una reducción de 35 kilómetros en comparación con el trazado actual de la vía de carga. Entre las obras que sumarán con este proyecto se contemplan:
-77 puentes
-12 túneles
-Tres viaductos
-Dos libramientos
-Dos distribuidores ferroviarios
En Ciudad de México, el Tren México-Querétaro tendrá una conexión intermodal en la terminal Buenavista con la Línea B del Metro, las líneas 1, 3 y 4 del Metrobús y el sistema Ecobici, mientras que en la terminal de Querétaro se enlazará con el Querétaro Bus, facilitando la movilidad de millones de personas al reducir la congestión vehicular en ambas ciudades.