Entre sus principales atribuciones se encuentran la planeación y diseño del servicio de trenes de pasajeros, el fortalecimiento del transporte de carga por ferrocarril, así como la administración y supervisión de las concesiones en este sector. Además, el organismo tendrá la responsabilidad de resguardar los bienes de la nación vinculados al sistema ferroviario y de promover la integración del tren con otros modos de transporte urbano.
La creación de esta agencia responde a la necesidad de unificar funciones que antes estaban dispersas y carecían de claridad normativa, particularmente en lo relativo a las atribuciones federales sobre el tren de pasajeros. Ahora, bajo una sola entidad, se busca dar mayor orden y proyección al crecimiento del sistema ferroviario en el país.
La nueva estrategia contempla la construcción de nuevas vías férreas y la adquisición de equipo ferroviario, organizándose en cuatro fases para el despliegue de trenes de pasajeros:
Fase 1 incluye los tramos AIFA-Pachuca, CDMX-Querétaro, Saltillo-Nuevo Laredo y Querétaro-Irapuato.
Fase 2 comprende Querétaro-San Luis Potosí, Mazatlán-Los Mochis e Irapuato-Guadalajara.Fase 3 abarcará Guaymas-Hermosillo, Guadalajara-Tepic, San Luis Potosí-Saltillo y Los Mochis-Guaymas.Fase 4 cerrará con Tepic-Mazatlán y Hermosillo-Nogales.
Los trenes interurbanos serán construidos sobre vías dedicadas, con velocidades máximas de entre 160 y 200 km/h, y contarán con sistemas eléctricos o diésel-eléctricos. Se establecerán estaciones principales y secundarias para mejorar la conectividad entre regiones.
El proceso de licitación de los tramos incluye tres etapas: proyecto ejecutivo, fase de construcción, y pruebas previas a la puesta en servicio. Los primeros tramos licitados son Querétaro-Irapuato (108.20 km), Saltillo-Nuevo Laredo (395.77 km) y el tren eléctrico CDMX-Pachuca, con lo cual inicia formalmente la expansión del sistema ferroviario nacional impulsado por esta nueva agencia.
